原因は様々ですが、主な原因としては下記が挙げられます。

生物学的役割の違い

男女は身体的、行動的に異なる傾向を示されます。
基本的に遺伝子の違いで身体的な生殖器の違いで分かれますし、考え方や行動にも傾向が現れます。
しかしながら、この違いは「遺伝子」のみでは決定されるわけではなく、社会的、認知的、情動的要因などによる「脳の働き」による影響もあると考えられています。

宗教的な問題

キリスト教では神が男性であるというイメージが保持され、イスラム教は女性は男性より身分が低いとされており、女性の価値をないがしろにするあまり、女性への暴力や経済的な自立を妨げる要因となっています。
また大乗仏教では、仏陀は男性であるとの主張が法華経の一節の解釈から生じており、女性は成仏しないが来世に男性として輪廻すれば、成仏する可能性があるとの考えが一部存在しています。
また、ヒンドゥー教のダウリー（結婚持参金）という花嫁の実家が花婿に持参金や家財道具を送る習慣があります。しかしながら、その金額が莫大で、花嫁の家族が払えない場合は、自殺につながるようなひどい扱いを受けることも多くあるようです。
(現在ダウリーは法で禁止されていますが、インド北部では風習が今も色濃く残っているそうです)

伝統的な社会構造・風習

日本も強い傾向にありますが、世界的にも家事は女性がするものという考えがあり、こうした習慣が女性の社会進出を妨げる要因になっています。
特に貧しい国々では男女の役割分担がはっきりしており、女性が薪や水の運搬、料理、育児など全ての家事の負担を担うので、それだけで1日が終わります。
そのためこのような地域では女性は学校教育や職業訓練を受けられず、雇用の機会があっても働く時間が作れない問題が生じています。
逆に男性は社会に出て稼ぐことが使命とされ、その能力のみで男性としての価値を判断されるといった傾向も強く残されています。

家庭内・家庭外での教育の欠如

前述でもありますが女性は家事、男性は仕事といった押しつけが当たり前のようになっていたり、違和感なく受け入れている家庭もあります。更にそれは子供にも影響します。
男の子・女の子はこうしないといけないといった刷り込みが強く行われることで、逆に差別や偏見が生み出される温床になってしまうことがあります。
こういった性区別に疑問を持つ機会＝教育がないことが差別や偏見の傾向を高めてしまうことに繋がります。